Ежегодно, 6 октября отмечается Всемирный день охраны мест обитаний – этот день, призван привлечь внимание человечества к проблеме сохранения среды обитания животных нашей планеты.
На данный момент Башкирский заповедник является местом обитания около 285 видов позвоночных животных, из них – 19 видов рыб,
3- земноводных,6 – преcмыкающихся, 204 – птиц и 57 – млекопитающих. Первоочередными объектами охраны являются охотничье- промысловые животные: лось, косуля, бурый медведь, рысь, лисица, выдра, горностай, глухарь, тетерев, рябчик.
В течении 90 лет существования заповедника его животное население претерпевало некоторые изменения. Выпали из фауны степная пищуха, серая крыса, полевая мышь, и мышь- малютка, но появились крошечная и равнозубая бурозубки, кабан, ондатра, марал, американская норка. Первую партию маралов из 40 голов завезли в 1941 году с Алтая. Сейчас они могут считаться фоновым видом для заповедника.
Здесь гнездятся очень много хищных птиц: канюк, пустельга, ястреб – тетеревятник, ястреб – перепелятник, совы – серая и длиннохвостая неясыть, сплюшка, воробьиный сыч. Среди них есть виды занесенные в Красные книги Республики Башкортостан и Российской Федерации.