Фенологические наблюдения являются важной составляющей частью мониторинговых исследований, проводимых на территориях заповедников. Наиболее часто используемыми на ООПТ методами фенологических исследований являются описательные методы (первичный и интегральный).
Фенологический маршрут в Башкирском заповеднике заложен в 1960 году, с целью слежения за многолетними изменениями в растительном покрове сезонных явлениях природы, сроках их наступления растительном покрове и почве. Протяженность составляет 7 км, состоящий из девяти постоянных пробных площадей:
Площадка №1 Злаково-разнотравный пойменный луг;
Площадка №2 Разнотравно-злаково пойменный луг;
Площадка №3 Злаково-разнотравный лесной луг;
Площадка №4 Сосново-зеленомошно-костянично вейниковый лес;
Площадка №5 Разнотравно-ковыльно-овцевая горная степь;
Площадка №6 Разнотравно-типчаковая- овцевая горная степь;
Площадка №7 Лиственнично – сосново – зеленомошно – костинично вейниковый лес;
Площадка №8 Сосново-зеленомошно черничный лес;
Площадка №9 Березово-снытьево-аконитовый лес.
Посещается регулярно в течение всего вегетационного периода от первых проталин и до залегания постоянного снежного покрова. Совмещается со снегомерным ежедекадным выходом для определения плотности снега и взятием пробы почвы для определения полевой влажности.
Многие годы, младший научный сотрудник Фахритдинова Зульфия Мансуровна на пробных фенологических площадях размерами 10 м х 10 м ведёт наблюдения более 70 видами растений.
Ограниченность флоры пробных площадей компенсируется наблюдениями на дополнительных точках феномаршрута отдельных видов растений, отсутствующих на пробных площадях.