Заповедник лежит в той части Урала, где его основные хребты Крака и Урал Тау теряют меридиональное направление и распадаются на сеть весьма сложно построенных возвышенностей.
Хребет Башхырт является главным перевалом, на котором находится одна из самых высоких точек южной оконечности Урала. Эти места почитались священными, многие жители степей считали своим долгом совершать сюда хадж. В IX веке географом-картографом Аль-Бируни этот перевал был обозначен границей седьмого климата.
ИСТОРИКО-ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ТРОПА «БАШХЫРТ»
Она начинается прямо от пропускного пункта заповедника и представляет собой пеший маршрут по весьма пересеченной местности. Ключевой точкой маршрута является обзорная вышка, откуда открывается великолепный обзор окрестных горных вершин. Долины имеют вид глубоких ущелий и отделены друг от друга гребневидными водоразделами. Горное поднятие и древние каменистые россыпи - это и есть геолого-культурный памятник «Башхардский шарьяж», который представляет собой Кракинскую аномалию, возникшую в результате катаклизмов при сжатии и сокращении земной коры в период уральского горообразования в позднем палеозое. Ему нет аналогов в мире. В меланже гор присутствуют редкие палеонтологические находки, представленные глыбами известняков с остатками доисторической фауны.
ИСТОРИКО-ГЕОЛОГИЧЕСКАЯ ТРОПА «ЗМЕЕВИК»
Это достаточно сложный пеший машрут протяженностью 0,5 км по каменистым обнажениям среди тенистого леса. Тропа начинается у фундамента старых бараков XIX столетия, где жили рабочие дореволюционных медеплавильных заводов и проходит по старой рудниковой дороге к выработанным шахтам, штольням колодцев,шурфам и через вывозную дорогу возвращается к баракам. Комплекс представляет собой одну из двух шахт Урала, где ручным способом добывался хромит.
ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ТРОПА «АРАДЫЙ»
Маршрут с подъемом высоко в горы, проходящий через все типичные экосистемы Башкирского заповедника с шестью обзорными площадками: