Территория Башкирского заповедника отнесена к подзоне сосново-березовых лесов бореально-лесной зоны. Его территория занята сосново-березово-лиственничными лесами, покрывающими хребет Южный Крака и Урал-Тау.
Горно-лесной природный комплекс Башкирского заповедника, в связи с сильно расчлененным рельефом имеет весьма разнообразную растительность.
Господствующий тип растительности заповедника – леса, образованные сосной обыкновенной, лиственницей Сукачева и березой повислой. Леса занимают более 80 % площади, покрывая сплошь невысокие хребты и северные склоны более высоких гор. В настоящее время господствует сосна. По историческим данным, в недалеком прошлом, главной лесообразующей породой была лиственница. Лиственничные леса с примесью сосны и березы сохранились лишь в верхних частях горных склонов. Березовые леса на хребте Ю. Крака являются производными от сосновых и лиственничных.
Особенности геологического строения хребтов Южный Крака определили образование и существование уникальных реликтовых горных степей. В настоящее время, флора заповедника насчитывает 317 видов лишайников, 121 вид мхов, 810 видов сосудистых растений, из них 105 видов являются редкими и подлежат особой охране, среди которых 11 – в Красную книгу Российской Федерации, 27 – в Красную книгу Республики Башкортостан.
Особенный интерес представляют редкие виды семейства Орхидных. К настоящему времени на территории заповедника произрастает 18 видов орхидей.