Цели и задачи стоящие перед коллективом ФГБУ БГПЗ разнообразны и сложны.Заповедник создан с целью сохранения и изучения естественного хода природных процессов и явлений,генетического фонда растительного и животного мира,типичных и уникальных экологических систем.Расположенный на стыке Европы и Азии,территория Башкирского заповедника представляет собой уникальный природный комплекс,сохраняющий в естественном состоянии складывавшуюся миллионами лет сложнейшую экологическую систему,включающуюся в себя представителей Европейской и Азиатской флоры и фауны.Сохранение и изучение-задачи,которые поставлены перед тремя отделами заповедника это отдел охраны территории,отдел науки и отдел эколого-просветительской деятельности.
Первый отдел-охрана территории,самый многочисленный отдел,сотрудники которого являются госинспекторами по охране территории заповедника.
Охрана территории осуществляется госинспекторами путем обходов по закрепленным участкам,а также групповым патрулированием территории.Служба охраны Башкирского заповедника состоит из структурных подразделений: Узянская ,Хамитовская инспекция и оперативная группа.
Помимо контроля за заповедным режимом госинспекторами осуществляется охрана заповедных территорий от лесных пожаров.Для этой цели в заповеднике действует пожарно-химическая станция.
Службой охраны ведутся наблюдения за сезонными явлениями растений и животных.Данные фиксируются в дневниках,карточках встреч и следов жизнедеятельности животных,а также на фенологических бланках.
Госинспекторский состав участвует в проведении учета животных:зимний учет охотничье-промысловых видов,учет марала «по реву»,медведя «по набродам»,тетеревиных по токам,учет хищных птиц,учет норки по рекам и ручьям и т.д.