Ландшафтные районы заповедника сформировались на разных горных породах докембрия и палеозоя, слагающих две крупные геологические структуры Южного Урала – Уралтауский антиклинорий и Кракинское поднятие, соответствующее и двум основным орографическим элементам: хребту Урал-тау и горному массиву Южный Крака, резко отличающиеся друг от друга.
Хребты Урал-тау сложены древнейшими образованиями – гнейсами, кварцитами, различными, сильно метаморфизированными кристаллическими сланцами. Возраст этих пород определяется в центральной части как докембрийский и в краевых его частях-как нижнепалеозойский.
Горный массив Южного Крака имеет подковообразную форму, обращенную выпуклой стороной на север и образованную рядом изогнутых, расположенных параллельно друг другу гряд. У наиболее высоких хребтов гребни покрыты каменистыми россыпями. В петрографическом отношении горный массив Южного Крака сложен различного рода основными и ультраосновными перидотитами.
Климат Башкирского заповедника имеет свои особенности, причем они резко отличают его даже от районов, лежащих в непосредственной близости.
Разница между абсолютными минимумом и максимумом составляет 87,4 С, что говорит о большой степени континентальности климата Башкирского заповедника и сопредельных территорий. Среднегодовая температура воздуха составляет 0,6 С.
Наиболее холодными месяцами являются январь, февраль, а самый теплый месяц – июнь, июль. Самым неустойчивым в температурном отношении является март, что объясняется сменой в этом месяце атмосферных циркуляций. Средние минимальные температуры остаются отрицательными до апреля включительно, в иные годы и средняя минимальная температура мая бывает ниже нуля.
Средний годовой показатель относительной влажности воздуха в природном комплексе заповедника составляет 75,8%.
Суровость местного климата заключается еще в продолжительном периоде с морозами. Для заповедника поздневесенние и раннелетние заморозки обычное явление. Заморозки обычно прекращаются в конце июня, а вновь появляются в августе. Они часто приводят к повреждению растений. Устойчивый снежный покров, как правило, устанавливается в середине ноября и удерживается в среднем 131 день. Средняя мощность снежного покрова составляет 97 см, максимальный снежный покров устанавливается в феврале.
Время схода снежного покрова приходится на середину апреля. Замерзание рек происходит во второй декаде ноября, вскрытие – во второй половине апреля. Паводок продолжается в среднем 22-30 дней.
В районе расположения заповедника во все времена года преобладают юго-западные и западные ветры со средней скоростью около 2,2 м в секунду. Наибольшее число гроз приходятся на июнь и июль.
Без снегопадов бывают только июль и август месяцы.
Наличие низких температур зимой, поздних весенних и ранних осенних заморозков, не всегда благоприятное распределение осадков, значительные суточные колебания температуры, резко меняющаяся относительная влажность и большая инсоляция – все это создает характерный микроклимат природного комплекса заповедника.
Опасные климатические явления Башкирского заповедника: сильный ветер, ливень, сильный дождь со снегом, гроза, плохая видимость из-за дымки и тумана, сильные гололедно-изморозевые отложения.
Почти все реки и речки заповедника принадлежат бассейну реки Агидель (Белой) – главной артерии Республики Башкортостан. Лишь ключи Малый Казмаш, Кара-су и Тимердык, берущий начало на восточном склоне хребта Урал-тау, принадлежат к бассейну реки Большого Кизила (приток р. Урал). Реки заповедника питаются водами многочисленных горных ручьев и ключей.
В число относительно крупных речек входят Южный Узян и Кага. Среди мелких следует отметить Большую и Малую Яман-Елгу, Усть-Туманды, Саргаю, Кулукай, Башарт, Анкыс, Алакбар.
Река Южный Узян – левый приток реки Агидель. Бассейн реки занимает 60 % всей территории заповедника. Общая длина реки составляет 127 км. Водосборная площадь бассейна 1166 кв. км. Протекая в горах по узкой долине, имеет ярко выраженный характер горной реки с большими уклонами и скоростями. Скорость течения в весеннее половодье превышает 2.5 м/ сек. Средняя ширина реки 10 – 15 м. Глубина реки при весеннем половодье достигает 2.5 м, а в межень она падает на плесах до 0.4 – 0.5 м., а на перекатах до 0.15 м. Водный режим реки Южный Узян отличается крайним непостоянством, характеризуется быстрым подъемом и спадом вод.
Река Кага – левый приток реки Агидель. Свое начало она берет с отрогов Урал-Тау. Общая длина – 80 км. Омывает северную границу заповедника на протяжении 23 км и охватывает своим бассейном около 10 – 12 тыс.га. Является типично горной рекой с большими уклонами, большим коэффициентом извилистости. Скорость течения в весеннее половодье составляет 2.7 м/ сек., в межень падает до 0.6 м/сек. Средняя ширина реки составляет 15 – 20 м. Долина реки имеет типично горный характер с небольшими террасами. Долины ручьев узкие, извилистые, с крутыми берегами и скалистыми обрывами. Высота обрывов достигает 60 м.
Подземные родники и ключи встречаются редко, именно поэтому в летнее время, реки сильно мелеют.